Mens Tomato Brown Rugose Fruit Virus infiserer tomat- og pepperplanter over hele verden, jobber frøselskaper med å avle en resistent tomat.
Rike genetiske og genomiske ressurser var tilgjengelige for tomatoppdrettere allerede før starten av tomatens genomiske sekvenseringsprosjekter. Store tomatkimplasmasamlinger har lenge vært etablert flere steder. Mer enn 75,000 XNUMX tomattilganger er bevart i genbanker rundt om i verden. En av de største er USDA-genbanken i Genève, NY.
Sekvensering av tomatgenomet ble igangsatt i 2005 som en multinasjonal innsats mellom 14 land og fullført i 2012. Denne innsatsen har blitt kraftig fremskyndet med bruk av kunstig intelligens, maskinlæring og avanserte algoritmer for å analysere store mengder genetiske og fenotypiske data.
Tomat Pan-Genom
Forskere fra Boyce Thompson Institute i 2020 skapte et referansegenom av høy kvalitet for ville tomater for å produsere et mer komplett og nyttig tomat-pan-genom. De oppdaget deler av genomet som ligger til grunn for fruktsmak, størrelse og modning, stresstoleranse og sykdomsresistens. Delvis takket være banebrytende sekvenseringsteknologier som kan lese svært lange biter av DNA, er referansegenomet mer komplett og nøyaktig enn den eksisterende databasen.
Eldre sekvenseringsteknologier som leser kortere biter av DNA identifiserer mutasjoner på enkeltbasenivå. De er imidlertid ikke flinke til å finne strukturelle varianter som insersjoner, delesjoner, inversjoner eller dupliseringer av store biter av DNA.
I 2019 konstruerte en internasjonal gruppe forskere et tomat-pan-genom ved å bruke genomsekvenser fra 725 fylogenetisk og geografisk representative varianter. Denne databasen inkluderer 4,873 gener som ikke finnes i det opprinnelige referansegenomet. Tilstedeværende/fraværende variasjonsanalyser avslørte betydelig gentap og intens negativ seleksjon av gener og promotere under tomatdomestisering og forbedring.
Les hele artikkelen på www.seedworld.com.